Hoci časy odchodov vlakov zostávajú väčšinou nezmenené, cestujúci musia počítať s výraznými meškaniami, odrieknutými úsekmi a náhradnou autobusovou dopravou. Modernizácia sa dotkne diaľkových aj regionálnych spojov, preto dopravcovia odporúčajú overiť si aktuálny stav konkrétneho vlaku pred každou cestou.
Diaľkové spoje zaznamenajú viaceré obmedzenia a zmeny v cieľových staniciach. Expresy Kriváň a Tatran, spolu s nočným rýchlikom Zemplín, prejdú celým úsekom medzi Vrútkami a Dolným Hričovom vďaka dieselovým rušňom, no hrozí im meškanie. Rýchliky Považan sú v úseku Považská Bystrica – Žilina úplne zrušené. Podobne nebudú premávať ani vlaky Ostravan a Kysučan medzi Čadcou a Žilinou a rýchliky Fatran v úseku Vrútky – Žilina.
Regionálna doprava sa bude musieť spoľahnúť na prestupy a autobusy. Pri osobných vlakoch smerujúcich z Trenčína alebo Zlatoviec do Žiliny funguje v úseku Dolný Hričov alebo Bytča – Žilina náhradná autobusová doprava. Cestujúcim na trase Skalité – Čadca – Liptovský Mikuláš sa cesta v niektorých dňoch rozdelí na tri nezávislé úseky s nutnosťou prestupovať v Čadci a vo Vrútkach.
